«До настоящего времени всем медицинским школам не хватало медицинской практики и наблюдения за больными. Именно это должно стать главной заботой образования», - произнес в 1794 г. с трибуны Конвента выдающийся химик Фуркруа. Он же сформулировал новую концепцию медицины: «Меньше обращаться к догматам, больше наблюдать и много практиковаться». «Вскройте несколько трупов, - говорил другой основоположник современной науки Биша, - и вы увидите, как тьма рассеется перед вами». А врач и философ Кабанис писал тогда же: «Мы хотим готовить врачей, которые полезны больным, а не врачей, которые могут блистать речами в обществе и на заседаниях».
    Возвращение Наполеона на о. Лобау 23 мая 1809 г. после битвы под Эсслингом.
    
    Действительно, целая серия выдающихся научных трудов, а также преподавательская деятельность известнейших реформаторов медицины во многом способствовали реализации этой программы. В 1800 г. Биша пишет свое выдающееся произведение «Трактат об оболочках», а в 1801г.- монументальный труд «Общая анатомия применительно к физиологии и медицине». Бруссе публикует в 1808 г. «Историю хронических воспалений», Пинель создает новую концепцию лечения больных с психическими расстройствами, Деженетт закладывает основы современной эпидемиологии, Ларрей публикует в 1812 г. три первых тома первого настоящего учебника военной хирургии «Мемуары о военной хирургии и походах».

     Кардинальная ломка ветхого здания уходившего в прошлое искусства врачевания и построение новой научной медицины не могло не отразиться и на военной медицине. Уже в эпоху Революции многие политические деятели не раз громогласно заявляли о необходимости организации эффективной помощи раненым и больным военнослужащим. Для улучшения функционирования медицинских служб и повышения престижа военного врача декретом от 31 декабря 1792 г. старший медицинский персонал армии получил статус офицерского состава, а декрет от 3 сентября 1793 г. подтвердил, что военные врачи должны были рассматриваться как военнослужащие. Чтобы быть принятым в ряды офицеров медицинской службы, нужно было сдать экзамены перед Санитарным советом и представить сертификат цивизма.

     Несмотря на многообещающие речи депутатов Конвента, структурные изменения медицинских служб и первые шаги научной медицины, реальная ситуация, в которой оказывались больные и раненые в эпоху Великой французской революции, была удручающей. Количество госпитализированных военнослужащих составляло до 20-30% личного состава полубригад, причем большинство лежащих на больничных койках были не раненые, а больные. Смертность в госпиталях также продолжала оставаться ужасающей. Так, например, в военном госпитале Нанта в 1794 г. ежемесячно умирало до 16% содержавшихся в нем солдат, в основном от болезней.

    Хотя деятельность Первого консула во всех структурах военного организма помогла устранить наиболее явные злоупотребления, она не внесла каких-либо радикальных положительных изменений в функционирование медицинской службы. Более того, поскольку короткая мирная передышка позволила Бонапарту значительно сократить численность армии, особенно сильно был урезан штат медицинского персонала. Указами от 16 фримера IX года (7 декабря 1800 г.) и 18 вандемьера X года (10 октября 1801 г.) численность военных врачей была сокращена до минимума. Сотни медиков оказались выкинутыми на улицу с ничтожной пенсией. Хотя среди сокращенных по штату было немало неспособных людей, нельзя сказать, что подобные меры улучшили медицинскую помощь войскам и, тем более, подняли престиж военного врача.

     В 1803 г. на службе в рядах французской армии должны были состоять лишь 1237 человек медицинского персонала, в то время как в феврале 1797 г. штат медиков насчитывал 4630 человек! Вследствие режима строгой экономии резко сократилась и численность военных госпиталей. Их было 30 в августе 1800 г., а к декабрю осталось только 16. В результате к моменту возобновления войны (в 1803 г.) французская военно-медицинская служба была явно не готова справиться со своей миссией. Пришлось воссоздавать ее чуть ли не заново и срочно увеличивать количество персонала. В 1808 г. его численность достигла почти 3 тыс. человек, а к началу войны 1812 г. в рядах военных медиков уже было 5112 человек.

    Весь этот персонал в период Империи возглавлялся 6 генерал-инспекторами, трое из которых были хирургами, двое военными врачами и один фармацевтом. Равным образом весь личный состав медицинской службы составлял три иерархические пирамиды: хирургов, военных врачей и фармацевтов.

    Различие между хирургами и военными врачами состояло в том, что первые непосредственно находились в составе действующей армии и оказывали первую помощь раненым на поле боя, вторые работали в основном в госпиталях. Реальные же обязанности хирургов и военных врачей могли быть самыми разнообразными.
    
В принципе, как уже отмечалось, хирурги, врачи и фармацевты должны были рассматриваться как военнослужащие, причем главный хирург соответствовал по званию подполковнику (с 1809 г. командиру батальона), хирурги (всех трех классов) - капитанам, младший хирург - лейтенанту, помощник хирурга—суб-лейтенанту (аналогично для врачей и фармацевтов). Однако вплоть до конца Империи и еще в течение многих лет спустя весь этот штат специалистов сохранял довольно неопределенный статус, занимая промежуточное положение между военным и гражданским персоналом.